Le savoir-faire des ingénieurs de CAEI s'applique dans différents domaines :

La phyto-écologie mobilisant des compétences en botanique (relevés de végétation) et en sciences de l'environnement (climatologie, géologie, lithologie, géomorphologie, pédolologie) préalablement à la réalisation de plans d'échantillonnage stratifiés ou au diagnostic de zones humides.

L'étude de différents groupes de la faune en appliquant des méthodes standardisés (IPA, IKA pour les oiseaux, IBGN pour les macro-invertébrés aquatiques...).

L'hydro-écologie utilisant du matériel de mesures de paramètres de terrain (température, oxygène dissout, pH), le suivi automatisé à l'aide de sondes multiparamètres (matières en suspension, oxygène, ammonium), des analyses chimiques en laboratoire (Phospore, Azote totale, Nitrates, DBO, DCO...), pour le diagnostic des masses d'eau.